STORY TIME : ジェイソン・ボーン「なんで帰って来たんだ?」

ボーンが消息を絶ってから何年もの歳月が経過したある日、元同僚であるニッキーはボーンを見つけ、彼にある真実を告げる。
それはCIAが世界中の情報を監視し、技術開発やテロ活動までをも裏で操作する事を目的とした、恐ろしい極秘プログラムが始動したというものだった。
姿を現したボーンの追跡を任されたCIAエージェントのリーは、彼が最も求めているものを提供すれば、再びCIA側に取り込めるのではないかと考え始める。
しかし“史上最も危険な兵器"であるボーンは、追跡者が想像すらできない、ある目的を持って動いていた・・・。